由于冰河運動、地殼變遷等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，經(jīng)過億萬年的演變，生物硬體部才被保存下來。但軀體肉質(zhì)軟組織（包括耳朵、內(nèi)臟器官）演變?yōu)榛目赡苄晕⒑跗湮?，在自然環(huán)境下很容易被微生物腐蝕溶化，所以很難形成實體肉化石，因存世量少收藏價值。學(xué)者黃錦祥發(fā)現(xiàn)的“耳朵”化石，使我們清楚了解到地球上確實有“肉化石”存在，是人類自然科學(xué)史上的一次重大發(fā)現(xiàn)。 [1-2]

化石一詞源自拉丁文fossillis，意為挖掘?；枪派飳W(xué)的主要研究對象，它為研究地質(zhì)時期的動、植物生命史提供了證據(jù)。中國古籍中早已有關(guān)于化石的記載，如春秋時代的計然和三國時代的吳晉，都曾提到山西省產(chǎn)“龍骨”，“龍骨”即古代脊椎動物的骨骼和牙齒的化石；

通常如肌肉或表皮等柔軟部分在保存前就已腐蝕殆盡，而只留下抵抗性較大的部分，如骨頭或外殼。它們接著就被周圍沉積物的礦物質(zhì)所滲入取代。許多化石也被覆蓋其上的巖石重量壓平。


早可以被明確歸類于植物界的化石是在寒武紀時的綠藻化石。這些化石像是絨枝藻目鈣化了的多細胞成員。更早的前寒武紀化石中有發(fā)現(xiàn)像是單細胞綠藻的化石，但依然不確定是何種藻類。


有胚植物現(xiàn)知古老的生痕化石源自于奧陶紀，雖然此類的化石是零碎不全的。到了志留紀才有完整個化石被保留下來，包括石松門的“刺石松”。泥盆紀之后，萊尼蕨門的詳細化石在此時期被發(fā)現(xiàn)，此化石顯示出了其植物組織的單一個細胞。泥盆紀時亦出現(xiàn)了被認為是古老樹木的植物“古羊齒屬”，此類植物在其樹干上有蕨葉，但此蕨葉不會產(chǎn)生孢子。


煤系地層是生存于古生代時的植物的化石的主要來源。煤炭礦是采集化石好的場所，而且碳本身便是化石植物的殘留，雖然植物化石的結(jié)構(gòu)細節(jié)很少會留在碳中。在蘇格蘭格拉斯哥維多利亞公園中的化石森林里，有發(fā)現(xiàn)鱗木的樹干。